La presencia de los Agustinos Recoletos se inició en la Prelatura de Bocas del Toro en el año 1964, con la designación de Monseñor Martín Legarra como primer obispo de esta recién creada jurisdicción eclesiástica.
En aquel entonces, la atención misionera y evangelizadora de esta nueva prelatura se da con los agustinos recoletos en Kankintú, Chiriquí Grande, Almirante, Isla Colón, Changuinola, y la frontera con Guabito y en El Empalme. Luego de que Monseñor Legarra —a los pocos años de iniciar sus labores— es trasladado, asume como obispo prelado Monseñor Agustín Ganuza, quien está jubilado actualmente. Fueron 38 años que estuvo como pastor en esta prelatura.
A partir del 2007 Monseñor Aníbal Saldaña asume la guía espiritual de esta prelatura. En un principio los agustinos recoletos realizaron la labor pastoral, hasta que se abrió el espacio a otros institutos como los Hermanos del Verbo Divino, y a los diócesanos, como los actuales párrocos de Chiriquí Grande, El Empalme y Almirante. A pesar de ello, los agustinos recoletos siguen trabajando en las demás regiones donde su esfuerzo por animar el rebaño de Dios no ha cesado.
Son ocho los recoletos que se mantienen actualmente en esta prelatura trabajando en comunidades que son emblemáticas por su caminar pastoral, como Kankintú y Changuinola.
Actualmente en Changuinola —en la parroquia Santa Isabel de Hungría— se encuentra el padre Jesús Sánchez, párroco, en compañía de los padres Francisco Elizalde y José María Mendia, quienes son vicarios.
Desde esta parroquia se atienden todas las comunidades de Changuinola y las barriadas de Finca 6, las 30, la 60, toda la comarca Naso Teribe y las zonas indígenas rurales de Santa Marta Abajo, Santa Marta Arriba, Rómulo y la Mona.
La cuasiparroquia San Vicente de Paul, ubicada en Guabito, es dirigida por el padre Víctor López, párroco en esta región y su vicario es el padre Tomás Arbizu.
